玩家在游戏中可以建造自己的“秘密基地”。玩家可以将“基地”建造为一个门用来休闲的娱乐的安乐窝。也可以把其建造成一个庞大的超级迷宫。除了建造基地外，会有敌人不时前来骚扰基地，玩家需要善用陷阱来赶跑他们。此外，玩家还可以与各种各样的忍者交朋友，提升他们的好感度并获得惊喜。